In 1652 brak de eerste oorlog uit tussen de Engelsen en Nederlanders en Michiel werd gevraagd om kapitein te worden van de vloot. Heel bekend is zijn tocht naar Chatham in 1667, waar hij de Engelsen versloeg. Bij de zeeslagen waar hij het bevel voerde wist als geen ander voordeel te halen uit wind en ondiepe plaatsen voor de Zeeuwse en Hollandse kust. Behalve sterke oorlogsbodems, wilde hij geoefende soldaten op zee. Samen met raadpensionaris ( ongeveer president) Johan of Jan de Witt leggen ze de Staten-Generaal een plan bedacht over de verdeling van boten om aan te vallen. 10 december 1665 is het Regiment der Marine opgericht.

Ook zorgde hij met zijn vriend Johan de Witt voor modernisering van de vloot. Hij oefende in het formatievaren: hij voer de vijand in strakke lijnen tegemoet en maakte daarmee een eind aan de gevechten van schip tegen schip, wat meestal heel lukraak was. Ook voerde hij een systeem van seinvlaggen in. In die tijd was er geen radar en draadloze communicatie. Hij was niet nadrukkelijk op zoek naar roem.